Заказник создан с целью охраны и воспроизводства диких зверей, птиц, ценных промысловых рыб, редких видов растений, а также среды обитания животных, занесенных в Красные книги России и автономного округа.
Заказник расположен в южной, наиболее широкой части Верхнего Приобья, в пределах водно-болотного угодья мирового значения «Верхнее Приобье», образованного на основании постановления правительства РФ и главы администрации Ханты-Мансийского автономного округа в 1995 г. Пойма нижней Оби является одним из крупнейших в мире очагов размножения и линьки водоплавающих птиц. Здесь сосредоточены основные миграционные пути птиц. На территории заказника много пойменных озер-соров, где многочисленны гуси, лебеди, утки, чайки и кулики. Заказник находится на путях миграции многих птиц, в т.ч. редких видов. Ландшафты заказника, кормовая база очень благоприятны для лосей. Численность лося высокая, особенно летом. В основном – это лосихи с лосятами. На территории заказника находится один из самых крупных нагульных соров для рыбы – Каменный, а также протоки Нела, Ендырьская, которые играют важную роль для нереста и нагула ценных видов рыб в масштабах всего Обского бассейна.
Елизаровский заказник находится в центре водно-болотного угодья международного значения «Верхнее Двуобье».